Biodiversité et expression génique des communautés microbiennes de l'Arctique canadien

Dans le cadre des expéditions ArcticNet (http://www.arcticnet.ulaval.ca) à bord du NGCC Amundsen de 2008 à 2019, nous avons prélevé des échantillons d'eau dans des stations situées dans l'Arctique canadien. Les itinéraires de croisière variaient d'une année à l'autre, mais incluaient toujours un transect du nord de la baie de Baffin et parfois des séances d'échantillonnage dans le détroit de Lancaster, la mer de Beaufort et/ou le long de la côte est de l'île de Baffin. La période d'échantillonnage s'étendait de l'été à l'automne. Les échantillons ont été collectés par CTD-Rosette à 2 à 8 profondeurs correspondant aux caractéristiques de la colonne d'eau telles que l'eau de surface, le maximum de chlorophylle souterraine, la nitracline ou l'eau de l'Atlantique. Pour prélever des échantillons d'ADN/ARN, l'eau a été filtrée à l'aide de filtres de 3 µm et de cartouches de 0,2 µm, qui ont été conservés dans un tampon à -80 °C. Ces filtres ont été utilisés pour le séquençage à haut débit pour des enquêtes basées sur l'amplification, la métagénomique et d'autres techniques moléculaires. Des échantillons ont également été prélevés pour la cytométrie en flux (pour dénombrer les cellules bactériennes et/ou pigmentées), la microscopie (avec un colorant DAPI fluorescent ou l'utilisation d'un conservateur FNU pour identifier les cellules plus grosses), l'hybridation fluorescente in situ (une autre technique de microscopie), la chlorophylle a (pour quantifier les organismes photosynthétiques) et l'analyse des pigments par HPLC (pour identifier différents taxons d'algues). Échantillons à partir desquels des acides nucléiques ont été extraits et séquencés dans le cadre de nombreux projets. Des échantillons dont les acides nucléiques ont été extraits et séquencés peuvent être trouvés dans les archives GenBank Short Read sous les numéros d'accession du projet PRJNA202104, PRJNA283142, PRJNA283296, PRJNA383398 et SRX037894-SRX037896