Les communautés de protistes de Franklin Bay (mer de Beaufort) à l'aide d'une analyse de l'ADN environnemental

Des échantillons ont été prélevés à partir du brise-glace CCGS « Amundsen » dans la baie de Franklin de l'automne 2003 à l'été 2004 à une profondeur comprise entre 160 m et 200 m à l'aide d'un système de rosette Seabird équipé de bouteilles de 12 l de type Niskin et d'une sonde CTD Seabird 911+ (salinité, température, profondeur). La fluorescence (point de mer), la transmissivité (transmissomètre WetLabs C-Star), le rayonnement photosynthétique disponible (PAR ; instruments biosphériques biosphériques) et les concentrations relatives de nitrates (Satlantic MBARI ISUS) ont également été enregistrés. L'eau pour les analyses d'ADN a été filtrée séquentiellement à travers un maillage de 100 µm, un filtre de taille de pores de 3 µm et une unité Sterivex de 0,2 µm par déplacement positif à l'aide d'une pompe péristaltique. Ces analyses d'ADN ont été effectuées sur les filtres à 3 µm (grande fraction) et les unités Sterivex à 0,2 µm (petite fraction) : extraction d'ADN, amplification par PCR de l'ADN de l'échantillon, analyses DGGE, amplification par PCR de gènes d'ARNr 18s, construction de bibliothèques de clones, affiliation taxonomique et analyses phylogénétiques. Les séquences de cette étude sont disponibles auprès de GenBank sous les numéros d'accès FJ169684 à FJ169852 et FJ775605 à FJ775666.